Se le considera el padre de la historiografía, su obra principal fue "Historiae", (Título que signfica en realidad 'Historias', pero conocida como 'Historia'), escrita probablemente en Turios, una colonia panhelénica situada en la Magna Grecia. El terminus post quem de la obra se sitúa en el año 430 a. C.
Historiae o Los nueve libros de historia es considerada una fuente importante por los historiadores por ser la primera descripción del mundo antiguo a gran escala y de las primeras en prosa griega. El primer párrafo anuncia:
«Heródoto de Halicarnaso presenta aquí los resultados de su investigación para que el tiempo no abata el recuerdo de las acciones humanas y que las grandes empresas acometidas, ya sea por los griegos, ya por los bárbaros, no caigan en olvido; da también razón del conflicto que enfrentó a estos dos pueblos.»
El conjunto fue dividido en nueve libros por su editor alejandrino en el siglo III o el II a. C., uno por cada musa: (Clío, Euterpe, Talía, Melpómene, Terpsícore, Erato, Polimnia, Urania y Calíope).
En ellos narra con precisión las Guerras Médicas entre Grecia y Persia a principios del s. V a. C., con especial énfasis en aspectos curiosos de los pueblos y personajes de unos y otros, al tiempo que describe la historia, etnografía y geografía de su tiempo.